O Notas Online foi desenvolvido para atender às mais diversas instituições de ensino em todas as suas necessidades. Isto fez com que o Notas Online se tornasse um sistema bastante flexível, aceitando vários níveis de customização, desde a colocação do logotipo da escola até a adaptação dos relatórios financeiros. Quando uma instituição de ensino contrata o Notas Online, uma equipe especializada verifica as necessidades da escola e gera um relatório de itens que deverão ser personalizados. Tudo isto é feito para que a instituição não sinta um impacto que causaria desconforto com a sua implantação.